Kota ini adalah kota utama terdekat ke situs Troy kuno. “Kuda kayu” dari film Troy tahun 2004 dipamerkan di pinggir laut.
Çanakkale memiliki sejarah peradaban yang panjang, tercatat penduduk pertama yang tinggal di daerah ini sudah ada pada 6000 tahun yang lalu. Namun, sangat sedikit yang diketahui tentang identitas dan gaya hidup para pemukim awal ini. Menurut beberapa penggalian dan penelitian, permukiman paling awal di wilayah tersebut didirikan di Kumtepe. Diperkirakan bahwa Kumkale didirikan pada 4000 SM dan Troy antara 3500–3000 SM.
Selanjutnya datanglah bangsa Aeolian dari Yunani yang kemudian menetap pada abad ke-8 SM dan mendirikan koloni perdagangan di wilayah yang disebut Aeolis. Wilayah ini berada di bawah kendali kaum Lydia pada abad ke-7 SM dan di bawah kendali Persia pada abad ke-6 SM. Aeolis berada di bawah kendali tentara Macedonia Kuno ketika Alexander Agung mengalahkan Persia dalam Pertempuran Granicus dalam perjalanannya ke Asia. Wilayah ini juga pernah berada di bawah pemerintahan Kerajaan Pergamon pada abad ke-2 SM.
Çanakkale kemudian berada pada kendali Islam, yang kemudian dibangun sebuah benteng pada 1462 oleh Mehmed II Fatih, yang memberikannya nama Kale-I Sultaniye, karena salah satu putra Sultan telah berkolaborasi dalam pembangunannya. Benteng ini terletak di sebuah teluk di titik tersempit di selat itu, bersama dengan benteng lain di dekatnya, Kilid Bahr, memberikan posisi yang sangat baik untuk mengendalikan lalu lintas laut yang melalui selat Dardanelles. Dua benteng itu dengan cepat disebut dalam literatur perjalanan “The Castles”, dan sebuah kota yang dikembangkan ke timur laut, dihuni oleh pengungsi Armenia dan orang-orang Yahudi Spanyol.
Dari masa Renaisans dan seterusnya, setelah pengusiran dari Spanyol, para pengungsi Yahudi menetap di Çanakkale dan membentuk komunitas yang cukup besar yang berkembang dengan memasok pelayaran Mediterania di wilayah tersebut dengan ketentuan dan bertindak sebagai agen konsuler bagi banyak negara Eropa. Hingga akhir abad ke-19, mereka mempertahankan bahasa Spanyol sebagai bahasa ibu. Sekitar 1.805 orang Yahudi terdaftar di sana pada tahun 1890, dari populasi 10.862, sisanya adalah Muslim (3.551), Ortodoks Yunani (2.577), Armenia (956) dan berbagai macam orang asing (2.173).
Pada 1920, kota ini diperkirakan memiliki populasi sekitar 22.000 jiwa. Kota Çanakkale merupakan pelabuhan yang aktif, dan menjadi titik perhentian bagi kapal yang melakukan perjalanan melalui selat, seperti yang terjadi di masa lalu kuno.