Iznik sendiri terletak 80 km ke arah timur laut dari Bursa, seperti yang dikenal di zaman kuno. Nicea pernah menjadi ibu kota Kekaisaran Bizantium dan menjadi simbol kejayaan masa lalu.
Bangunan ini juga merupakan salah satu monumen tertua di kota Iznik. Hagia Sophia penting karena di sinilah Pengakuan Iman Nicea diciptakan.
Hagia Sophia (Aya Sofya) terletak di persimpangan dua jalan utama Iznik, Atatürk Caddesi dan Kiliçaslan Caddesi. Bangunan bata merah persegi panjang ini dibangun dengan gaya Bizantium yang khas, tetapi Aya Sofya Iznik jauh lebih kecil dan tidak memiliki fitur yang sama megahnya dengan dengan Ayasofya di Istanbul. Namun, dalam hal nilai historis, bangunan ini sama pentingnya dengan Hagia Sophia di Instanbul, karena Nicea adalah tempat di mana dua Konsili Ekumenis Kristen (Dewan Nicea) terjadi dan di mana Pengakuan Iman Nicea.
Gereja Hagia Sophia dibangun oleh Justinian I di tengah kota pada abad ke-6. Di gedung inilah Konsili Nicea Kedua terjadi pada tahun 787 untuk mengakhiri periode pertama Byzantium Ikonoklas.
Bangunan ini dikonversi menjadi masjid setelah jatuhnya kota Nicea ke Turki Ottoman pada tahun 1337, dan berfungsi seperti itu sampai dikonversi menjadi museum pada tahun 1935. Pada bulan November 2011 itu kembali dikonversi menjadi masjid.
Sebuah basilika beratap kayu dengan lorong tengah dan lorong samping, itu dibangun tak lama setelah 1065, Sebuah renovasi secara besar dilakukan setelah bangunan ini dikonversi menjadi masjid.