Museum Arkeologi Istanbul terdiri dari tiga museum:

1. Museum Arkeologi (di bangunan utama)
2. Museum Orient Kuno
   
3. Museum Seni Islam (di Kios Ubin).

Museum ini menampung lebih dari satu juta objek yang mewakili hampir semua era dan peradaban dalam sejarah dunia. Barang-barang antik hadiah termasuk sarkofagus Alexander Agung, harta dari kerajaan Babel dan Het serta keramik Ottoman abad ke-17.

Di dalam Museum Orient Kuno, koleksi termasuk seni Arab pra-Islam, puisi cinta tertua dari abad ke 8 SM dan artefak pribadi dari daerah Mesopotamia, yang secara luas dianggap oleh banyak akademisi sebagai tempat lahirnya peradaban.

Situs museum ini pada awalnya merupakan bagian dari taman luar Istana Topkapi. Museum ini didirikan dengan keputusan sebagai Museum Imperial (Turki Utsmani: Müze-i Hümayun atau Turki: İmparatorluk Müzesi) pada tahun 1891. Kurator dan pendiri museum pertama adalah Osman Hamdi Bey. Karena dekrit kekaisaran yang melindungi barang-barang budaya di Kekaisaran Ottoman diberlakukan, banyak gubernur dari provinsi akan mengirim artefak yang ditemukan ke ibu kota. Dengan cara itu museum dapat mengumpulkan koleksi artefaknya. Setelah peringatan 100 tahun pada tahun 1991, museum menerima European Council Museum Award, terutama untuk renovasi yang dilakukan di aula lantai bawah di gedung utama dan pajangan baru di bangunan lain.

Pembangunan gedung utama dimulai oleh Osman Hamdi Bey pada tahun 1881, memperoleh bentuk neo-Yunani yang ada pada tahun 1908. Arsiteknya adalah Alexander Vallaury (yang juga merancang Pera Palace Hotel di Istanbul). Fasad bangunan terinspirasi oleh Alexander Sarcophagus dan Sarcophagus of the Mourning Women, keduanya bertempat di dalam Museum. Ini adalah salah satu struktur terkemuka yang dibangun dengan gaya neoklasik di Istanbul.

Museum of the Ancient Orient ditugaskan oleh Osman Hamdi Bey pada tahun 1883 sebagai sekolah seni rupa. Kemudian itu ditata ulang sebagai museum, yang dibuka pada tahun 1935. Itu ditutup untuk pengunjung pada tahun 1963, dan dibuka kembali pada tahun 1974 setelah pekerjaan restorasi pada interior.

Kios Tiled ditugaskan oleh Sultan Mehmed II pada 1472. Ini adalah salah satu bangunan tertua di Istanbul yang menampilkan arsitektur sipil Ottoman, dan merupakan bagian dari taman luar Istana Topkapi. Itu digunakan sebagai Museum Kekaisaran antara 1875 dan 1891 sebelum koleksi dipindahkan ke bangunan utama yang baru dibangun. Itu dibuka untuk umum pada tahun 1953 sebagai museum seni Turki dan Islam, dan kemudian dimasukkan ke Museum Arkeologi Istanbul.